Na suđenju za ubistvo, Tom ustane i kaže istinu: Indijanac Džo je ubica. Indijanac Džo pobjegne kroz prozor. Maf Poter bude oslobođen.

U crkvi se okuplja narod i tetka Pola i gospođa Tetčer shvataju strašnu istinu: Tom i Beki se nisu vratili sa piknika prethodnog dana! Niko ih nije video na brodu. Ceo grad se podiže na noge, stotine ljudi sa bakljama odlaze u Mekdugalovu pećinu u potragu za izgubljenom decom. Glava 31: Borba za život u mraku pećine

Tom upoznaje novu djevojčicu u gradu – Becky Thatcher. Zaljubljuje se na prvi pogled. Pokušava joj se dodvoravati, ali bude nespretan. U međuvremenu, opet se posvađa sa Sidom i tetkom Polly.

Ovo je najvažnije poglavlje u cijeloj knjizi. Tom i njegov prijatelj Huck Finn (sin beskućnika) odu na groblje u ponoć. Tamo vide trojicu ljudi: doktora, Muff Pottera (piću) i Indijanca Joea (opaki zločinac). Između njih dođe do svađe. Indijanac Joe ubije doktora nožem, a zatim uvali nož u ruke pijanom Potteru koji ništa ne pamti. Tom i Huck sve vide, ali se zakunu da nikome neće reći. Boje se da će ih Indijanac Joe ubiti.

Becky Thatcher se vratila u grad i organiziran je veliki izlet (piknik) za djecu na rijeci. Djeca odlaze istraživati golemu McDougalovu špilju. Dok se djeca zabavljaju, Huck ostaje u gradu na straži. Te večeri primjećuje dvojicu muškaraca kako prolaze pokraj njega s paketom. Prati ih do kuće bogate udovice Douglas. Čuje Indijanca Joea kako planira osvetu nad udovicom (želi joj unakaziti lice jer je njezin pokojni muž, kao sudac, jednom dao išibati Joea zbog skitnje). Huck trči do obližnje kuće Velšanina Jonesa i njegovih sinova, koji s puškama odjuriti prema udovičinoj kući i tjeraju razbojnike. 30. poglavlje: Izgubljeni u špilji

Roman započinje čuvenim povikom tetke Pole koja traži Toma. Tom se sakrio u ostavu gde je krišom jeo džem. Tetka Pola ga hvata na delu i želi da ga kazni, ali Tom uspeva da je prevari, skrene joj pažnju i pobegne preko ograde. Tom preskače školu i odlazi na kupanje, a na večeri njegov polubrat Sid otkriva tetki Poli da je Tom bio na reci (primetivši da mu je okovratnik ušiven crnim, a ne belim koncem). Besna tetka Pola odlučuje da kazni Toma tako što će cele subote, kada ostala deca imaju slobodan dan, morati da farba ogradu. Pred kraj dana, Tom na ulici sreće novog dečaka koji je lepo obučen, što ga nervira, pa se njih dvojica potuku. Tom izlazi kao pobednik. Glava 2: Čuveno farbanje ograde

Tomi dosadi čitanje iz župničke knjige u školi. Učitelj ga pita da izdvoji učenike za nagradu. Toma ne zna ko su prvi učenici, pa slučajno bira one koji najmanje zaslužuju, što izaziva smeh kod cele škole.

: Tomov polubrat. Primeran, poslušan i "uzoran" dečak, ali u suštini cinkaroš koji jedva čeka da Tom napravi grešku.

Tom upoznaje i odmah se zaljubljuje u nju. U crkvi mu je jako dosadno, pa pušta veliku bubu da se bori sa psom, što izaziva opšti smeh i prekid službe. 9. glava: Ubistvo na groblju

Dječaci ulaze u napuštenu kuću i istražuju kat. Odjednom u prizemlje ulaze dva čovjeka: jedan je stari, gluhonijemi Španjolac s povezom preko oka, a drugi je njegov ortak. Kad Španjolac progovori, Tom prepoznaje glas – to je prerušeni Indijanac Joe! Kriminalci planiraju sakriti svoj opljačkani novac (oko 650 dolara) ispod podnih dasaka. Dok kopaju, nailaze na stari sanduk pun zlatnika koji su davno zakopali pravi gusari (vrijedan tisuće dolara). Odlučuju odnijeti zlato na sigurnije mjesto, u "brlog broj dva". Tom i Huck s kata sve to u strahu promatraju. 27. poglavlje: Praćenje i "Brlog broj dva"

: Glavni negativac u romanu. Surovi, osvetoljubivi i opasni kriminalac. Detaljno prepričavanje po glavama (poglavljima) Glava 1: Tom u nevolji i lukavi Sid

Pustolovine, nestašluci i odrastanje dečaka Toma Sojera i njegove družine

Nekoliko nedelja kasnije, Tom odlazi u posetu oporavljenoj Beki. Tamo sreće sudiju Tačera koji mu saopštava da je pre nekoliko dana naredio da se glavni ulaz u Mekdugalovu pećinu potpuno zatvori i obloži masivnim gvozdenim vratima kako se niko više ne bi izgubio. Tom prebledi i viče: „Ali sudijo, Indijanac Džo je unutra!“. Narod odmah odlazi do pećine i otvara vrata, gde zatiču jeziv prizor – Indijanac Džo leži mrtav odmah pored ulaza. Pokušavao je nožem da pro kopa prolaz ispod vrata, a hranio se slepim miševima i sakupljao kapi vode sa tavanice. Sahranjen je blizu ulaza u pećinu, što postaje velika turistička atrakcija.

: Glavni negativac u romanu. Surov, osvetoljubiv i hladnokrvan ubica. On predstavlja realnu opasnost koja unosi mračan ton i elemente trilera u bezbrižan dečiji svet.